Новая история
Храм Девяти мучеников Кизических возвращен Церкви в 1992 году.
Во время октябрьских событий 1993 года храм оказался под обстрелом, так как расположен недалеко от Белого Дома и Мэрии, и получил многочисленные повреждения. Громадных размеров надпись «Я убил пять человек и очень этому рад», сделанная рукой снайпера, пробравшегося на колокольню, навсегда погребена под слоем штукатурки, но церковная колокольня до сих пор хранит отметины пуль, которые предназначались прятавшемуся там профессиональному убийце.
В 1994 году настоятелем храма был назначен священник Антоний Серов, который совершил первую в храме Божественную литургию в праздник Входа Господня в Иерусалим 24 апреля 1994 года в приделе великомученицы Варвары.